Sobria fuori, raccolta dentro, San Salvatore custodisce un Tiepolo, un affresco del Quattrocento e la cupola novecentesca di Ponziano Loverini.
Sul portale si trova ancora un marmo di età romana.
L'esterno e l'ingresso
Due angeli di Giuseppe Siccardi (1928), su basamenti di pietra, accolgono chi arriva sulla piazzetta. Dodici gradini, chiusi da una cancellata in ferro battuto, salgono al pronao; sul cornicione della facciata corre l'epigrafe «Cristo Regi Salvatori». Il portale ha un architrave in marmo di Zandobbio a motivi floreali, datato al III-IV secolo: è il frammento più antico della chiesa. Sul pavimento del pronao stanno le lapidi delle tombe ritrovate nei restauri del 1910-11, la più antica di fine Quattrocento.
La navata
L'aula è unica, con le pareti dipinte a damasco e la luce che scende dalla cupola. A sinistra è appeso un Crocifisso ligneo del Settecento. A destra è tornato alla luce, nei lavori di inizio Novecento, un affresco a dittico del XV secolo. Mostra la Vergine in trono con il Bambino e, accanto, san Pantaleone, protettore dei medici, con uno strumento chirurgico e una scatola di medicamenti. In basso un'iscrizione nomina un Bartolomeo, autore o più probabilmente committente dell'opera. Alle pareti si vedono ancora gli aloni della Via Crucis settecentesca di Gaetano Peverada, sottratta in due furti nel 2005 e nel 2007.
Il Tiepolo e gli altari laterali
L'altare di destra, dedicato a san Giuseppe, ospita il dipinto più prezioso del santuario: il San Giuseppe con il Bambino di Giovan Battista Tiepolo.
L'attribuzione è stata a lungo discussa. Elia Fornoni pensava all'allievo Giovanni Raggi, che ne fece una copia molto fedele; Anna Pallucchini (1968) lo assegna interamente al maestro e lo data al 1732-33, quando Tiepolo lavorava alla Cappella Colleoni. L'altare di sinistra è di san Lupo: una tela settecentesca di autore ignoto lo mostra in preghiera, in abiti regali. I due altari in marmo sono del 1913, su disegno di Fornoni.
La cupola
Sopra la crociera si alza la cupola ideata da Elia Fornoni, alta 17 metri. Ponziano Loverini la affresca fra il 1910 e il 1911 con la Trasfigurazione, il mistero a cui la chiesa è intitolata: in basso Pietro, Giacomo e Giovanni, poi Mosè ed Elia, al culmine il Salvatore in gloria.
Nei pennacchi gli altorilievi di Giuseppe Siccardi raffigurano quattro dottori della Chiesa: Bernardo, Alfonso, Anselmo e Cirillo.
La decorazione pittorica è di Fermo Taragni.
Il presbiterio e la statua
Cinque gradini in marmo, opera delle ditte Remuzzi e Fossati, portano al presbiterio. Nell'edicola sopra l'altare maggiore sta la statua di Nostra Signora del Sacro Cuore, legno dorato di Luigi Carrara: la Madre sorregge il Bambino a braccia aperte e ne indica il Cuore.
La mensa rivolta ai fedeli è stata consacrata nel 1976. Lo sportello del tabernacolo, in argento sbalzato, è di Claudio Nani. Dietro l'altare, l'abside con il coro in legno.
La sacrestia
La sacrestia, in tre vani, raccoglie tele dal Sei all'Ottocento. Fra queste L'educazione di Maria di Francesco Polazzo, un'Assunta di Giuseppe Brina, un Sacro Cuore con san Giovanni Evangelista di Vincenzo Angelo Orelli e due piccoli dipinti del Cifrondi. C'è anche un Crocifisso in bosso della bottega dei Fantoni. Accanto si apre la cappellina del Santo Gesù, con un altare ligneo del Settecento e stucchi del Seicento. Vi riposano i rettori Boroni e Fadini, che ridiedero vita alla chiesa.